Die Graphik zeigt die möglichen Zerfallsmuster eines Peptids im Massenspektrometer. Das im Beispiel gezeigte Peptid besteht aus 5 verschiedenen Aminosäuren. Die verschiedenfarbigen Kreise stellen die verschiedenen Aminosäuren dar. N steht für das N-Ende und C für das C-Ende des Peptids. Im Massenspektrometer werden Brüche im Peptid herbeigeführt, wobei diese zwischen beliebigen Aminosäuren entstehen können. Daraus ergeben sich mögliche Reihen von Spaltprodukten aus deren Massendifferenzen die Aminosäuresequenz ermittelt wird.