Am Ende des Experiments erhält man das ausgescannte Bild des DNA-Chips. Ein kleiner Ausschnitt eines solchen Bildes ist in der Abbildung schematisch dargestellt. Die gemessenen Intensitäten des fluoreszierenden Markers werden durch verschiedene Farbintensitäten dargestellt. Intensiv gefärbte Punkte entsprechen einer grösseren Menge und schwach gefärbte Punkte einer kleineren Menge gebundener Ziel-DNA. Dementsprechend waren also grössere oder kleinere RNA-Mengen im untersuchten Zellsystem vorhanden.

Wenn verschieden markierte Ziel-DNA analysiert wird, kann es zu Farbüberlappungen kommen. Wenn in beiden Zellsystemen die gleichen Gene aktiv sind, dann erscheinen auf dem Chip die Mischfarben der einzelnen Marker, z.B. blau + gelb = grün. Sonden bei denen in einem Zellsystem mehr Ziel-DNA vorhanden war, erscheinen überwiegend blau oder gelb.

Die Interpretation der vorhandenen Daten ist sehr aufwändig und erfordert den Einsatz von komplexen statistischen Rechenprogrammen. Wichtig ist unter anderem, dass mögliche Störfaktoren, die bei der Messung aufgetreten sind, ausgeglichen werden.

Am Ende zeigen die Daten, welche Gene der untersuchten Zellen wie stark aktiv waren und nach Bedarf weiter untersucht werden können. Die gemessene Genaktivität stellt zugleich eine Art Fingerabdruck der untersuchten Zelle dar und kann zur Klassifizierung von Geweben, unter anderem von Tumoren, verwendet werden.

Mittlerweile werden auch Datenbanken aufgebaut, in denen Array- oder Chip-Experimente von vielen Forschergruppen gespeichert werden und so allgemein für Analysen verfügbar werden.