Nachdem sich die markierte Ziel-DNA angelagert hat, wird der Chip gewaschen und mit einem Scanner analysiert, um festzustellen, wie viel markierte Ziel-DNA an den Sonden vorhanden ist. Alle Sonden werden dazu mit einem Laser bestrahlt, und die Intensität des von den fluoreszierenden Markern zurückgestrahlten Lichts wird gemessen. So wird festgestellt, an welche Sonden auf dem Chip Ziel-DNA des Untersuchungsmaterials gebunden hat und an welche nicht. Jeder Punkt des Chips kann demnach als ein eigenes Experiment betrachtet werden, in dem geprüft wird, ob und wie viel RNA eines bestimmten Gens im untersuchten Gewebe enthalten ist. Daraus lässt sich direkt ableiten, ob und wie stark ein Gen unter den gewählten Bedingungen aktiv ist.

Ziel-DNA, die aus unterschiedlichem Untersuchungsmaterial stammt und verschieden markiert wurde, sendet auch unterschiedlich 'farbiges' Licht an den Detektor zurück. Dadurch kann bei der gleichzeitigen Analyse von unterschiedlicher Ziel-DNA festgestellt werden, aus welchen Zellsystemen sie stammt.

Messen der Chip-Oberfläche mit einem Laser-Scanner (Bild FGCZ)